Католикос Всех Армян Мкртич I Ванеци Хримян (1892—1907), ласково называемый в народе Хримян Айрик (Отец Хримян), в октябре 1894 г. назначил вардапета Антона Вардазарянца настоятелем Гандзасарского монастыря. Хримян Айрик в годы трагедии, переживаемой западными армянами вследствие турецких погромов, в тяжелейших условиях, сложившихся для армянского народа, прилагал огромные усилия как для оказания помощи депортированным из Западной Армении соотечественникам и их возвращения в родные края, так и отправки денежных средств пострадавшим армянам Сасун-Муша. Монастыри и детские приюты также были в центре его внимания.
Наряду с другими монастырями Хримян Айрик оказал большое внимание монастырю Гандзасар. Вардапет Антон столкнулся со множеством трудностей в процессе своей деятельности. В сентябре 1896 г. он попросил у Католикоса освобождения от должности настоятеля монастыря. Однако Хримян Айрик в начале следующего года специальной энцикликой восстановил его на прежней должности.
Заботу Хримяна Айрика о церквах епархии Арцаха и, в частности, монастыре Гандзасар высоко оценил его современник архиепископ Магакия Орманян, отмечая, что во время своего патриаршьего визита в Сюник и Арцах, Мкртич Хримян увидел Татев, Гандзасар, многие другие монастыри и заинтересовался их прошлым и настоящим. Хримян Айрик предпринял ряд мер по благоустройству Гандзасара, был озабочен фактом сдачи в аренду некоторых монастырских строений. Католикоса Всех Армян волновала также нелегкая участь, выпавшая на долю епархиальной школы Арцаха, важной составляющей армянского просветительского дела, на которую пришлись удары голицынских административных действий.
По инициативе генерал-губернатора Кавказа князя Голицына школы и их снабжение в 1898 г. перешли под государственный контроль. Хримян Айрик прилагал все усилия, чтобы, наряду с другими армянскими школами восстановить также права епархиальной школы Арцаха. В этот период вардапет Антон усердно исполнял свои обязанности в монастыре Гандзасар. С принятием закона царского правительства (12 июня 1903 г.) о конфискации земельных владений и имущества Армянской Церкви, церковно-образовательные дела начали переживать бедственный период, завершившийся 1 августа 1905 г., аннулированием этого закона.
В сентябре 1906 г., с благословения Католикоса Всех Армян Мкртича I, была открытa школa-интернат в Шуши для тех армянских детей, которые остались сиротами (в результате погромов и резни, учиненных в 1904—1906 гг., вторгшимися в Арцах” кавказскими татарами”. Католикос Всех Армян Мкртич I скончался 28 октября 1907 г. Его похоронили рядом с могилой Нерсеса V Аштаракеци, у входа в Кафедральный собор Св. Эчмиадзина.
21 сентября 1908 г. состоялось общее собрание приходских общин Ереванской епархии. Собрание констатировало, что центр высшего правления Армянской Церкви, за весь период своего существования оказался в самом безотрадном состоянии. Причиной такого положения национальной церкви были признаны основные недостатки действующей административной системы, как следствие применения “Положения” 1836 г. В результате народ лишился права участия в делах церковного правления, ввереного исключительно состоящему из духовных лиц Синоду и консисториям. Было решено передать голос армян Ереванской епархии архиепископу Матеосу Измирляну как первому кандидату в католикосы. Решение епархиального собрания Арцаха было в духе резолюции Ереванской епархии.
1 ноября 1908 г. Маттеос II Измирлян (1908—1910) был избран Католикосом Всех Армян. В тот же день Национально-Церковное Собрание (в Св. Эчмиадзине), пришло к заключению, что армянский народ считает настоятельной необходимостью урегулирование церковного правления в соответствии с демократическим духом и широкими избирательными принципами для того, чтобы поставить свою национальную церковную иерархию в жизнеспособные, благоприятные и соответствующие национальной жизни условия. В начале XX века экономические нужды Гандзасарского монастыря обусловили включение монастырского хозяйства в сферу формировавшихся новых торговопромышленных отношений. По инициативе предводителя Арцахской епархии епископа Ашота Шхеяна и под руководством уроженца Баку Христафора Тумаянца в 1905 г. была создана акционерная компания в составе шести человек.
Компания должна была заниматься лесной, сырьевой и другими отраслями производства, составляющими собственность монастыря. О состоянии земельных владений монастыря информируется в письме (декабрь, 1908 г.) главы компании Христафора Тумаянца епископу Ашоту. Приняв предложение епископа Ашота по эксплуатации монастырских владений и посчитав это полезным для Св. Эчмиадзина, местного армянского населения и для них самих, Тумаянц от имени группы армянских купцов сообщил, что они желают взять подряд на производственную эксплуатацию собственности (рудники и лесные запасы) монастырей Гандзасар и Хутаванк. Они обязывались взять на себя все производственные и налоговые расходы, для чего заключали долгосрочный, предусмотренный законом договор и обязывались платить проценты Первопрестольному Св. Эчмиадзину исключительно с продукции, или валового дохода.
Эдуард Л. Даниелян. Гандзасарский монастырь. Богословский центр “Гандзасар”. Ереван, 2009