XV—XVI века были временами тяжелых испытаний для Армении, когда вслед за опустошительными нашествиями туркменских племен кара-коюнлу, ак-коюнлу и др. последовали турецко-персидские войны, имевшие трагические последствия для страны. Сведения о племяннике Гандзасарского католикоса Аристакеса католикосе Саркисе, сыне Хатр-Мелика, относятся к 40—50 гг. XVI века. Наряду с пожертвованиями, католикос Саркис Хасан-Джалалян осуществил восстановительные работы в Гандзасарском монастыре. После его кончины (1555 г.) католикосом стал Григор, сын его брата Меграб-Бека. При католикосе Григоре III продолжались земельные пожертвования Гандзасарскому монастырю.
Авторитет Гандзасарского католикосата признавали также чужеземные властители, которые свои отношения закрепляли грамотами, признававшими права католикосов Гандзасара. Это в основном касалось представителей рода ХасанДжалалянов. Так, персидский шах Тахмаз I своим указом от 19 апреля 1570 года защитил родовое право патриаршества Григора III Хасан-Джалаляна. Тем не менее, насилия со стороны чужеземных сил продолжались. Католикоса Григора сменил внук Меграб-Бека Давид Хасан-Джалалян (сын Багдасара — брата Григора III). О католикосе Давиде Католикос Всех Армян Симеон I Ереванци пишет: “Патриарх Давид, которого задушили”. Согласно Симеону Ереванци, в списке католикосов за Давидом следует Пилиппос, который до того был сопрестольником Давида. После Пилиппоса патриаршествовал другой сын Меграб Бека Ованнес VIII Хасан-Джалалян. Затем патриархом стал Шмавон и др.
В 1603 г. персидские войска напали на те области Армении, которые до этого уже перенесли тяжелые удары от агрессии османских полчищ. Когда стало известно, что османская армия перешла в наступление, Шах Аббас I приказал депортировать в Персию (1604—1605 гг.) население Араратской долины, а также других областей и городов (Джуга, Гандзак, Арцке, Арчеш, Беркри, Ван, Маназкерт, Вагаршакерт-Алашкерт, Маку, Карс, Кагзван, Басен, Карин-Эрзрум, Хнус, Нахиджеван). Депортированное армянское население пережило тяжелое бедствие при насильственной переправе через реку ЕрасхАракс, во время которой многие утонули, а оставшиеся в живых были расселены в окрестности Исфахана, где они основали город Нор (Новая) Джуга.
В этот тяжелый период политическое раздробление происходило в условиях передела территорий, захваченных чужеземными завоевателями. Это отрицательно отразилось также на епархиях Армянской Апостольской Церкви. Коварства персидского двора достигали левобережных епархий. В связи с их статусом, шахи вмешивались в вопросы, возникающие между Св. Эчмиадзином и Гандзасарским католикосатом, как, например, видно из указа 1634 г. шаха Сафи I (1629—1642), упоминаемого в указе (1650 г.) шаха Аббаса II (1642—1666). Подобные факты свидетельствуют о том, что в качестве составной части армянской церковной структуры, применение в исторических источниках понятий “Алуанское” патриаршество или католикосат по отношению к Восточным краям Армении, сосредотачивалось вокруг Гандзасарского католикосата. Когда царь Кахети Теймураз I (1625—1633) совершал набеги на области между Гандзаком и Партавом, Гандзасарский католикос Ованнес IX Хасан-Джалалян (племянник Григора III) встретился с ним и посоветовал напасть со своей 40-тысячной армией на Тавриз и завоевать Атропатене (Атрпатакан), пока персидский шах и турецкий султан были заняты, воюя друг с другом. Католикос обещал в качестве помощи предоставить ему войска предводительствуемых им меликов (князей). Однако Теймураз сражался против Персии, союзничая с ханом Давудом, захватив шим Гандзак. В этот период Теймураз, вторгшись в Арцах, разграбил Гандзасарский монастырь. Когда выяснилось, что он такой же завоеватель, как и другие, Гандзасарский католикос сказал ему: “Если ты только желал иметь волов и овец, то их есть множество и в твоем государстве и не стоило ради них утруждать себя. Не думай, что шах даст тебе время снова вернуться в эти края. Вместо животных он уведет в плен тебя”.
Из колофона Евангелия, хранящегося в церкви Св. Ншан села Ахум, следует, что в год кончины католикоса Всех Армян Мовсеса III Татеваци (1629—1633) Гандзасарский католикос Ованнес, придерживающийся идеи освобождения армянского народа от чужеземного владычества, был арестован и уведен в плен в Персию. После кончины католикоса Ованнеса по повелению Католикосa Всех Армян Пилиппосa I Ахбакеци (1633—1655) Гандзасарским католикосом стал Григор IV Хасан-Джалалян (1634—1653). С завершением в 1639 г. турецко-персидской войны жизненные условия армянского народа стали тяжелее в Западной Армении под владычеством Османской империи, а в Восточной Армения — Сефевидской Персии. Гандзасарский католикос Григор IV в колофоне рукописи Евангелия 1639 г. охарактеризовал этот период как “очень горький и нечестивый”.
Вследствие экономического гнета хана, захватившего Гандзак, Гандзасарский католикосат попал в огромные долги. Католикос Григор был арестован и, даже заплатив выкуп, не смог освободиться от долгов и с целью их погашения обошел всю территорию католикосата. Беззакония и гнет чужеземного владычества осуществлялись также, чтобы заставить армян отступиться от своей веры. В результате, население Восточных краев Армении, стремясь быть в лоне церковно-административного влияния Св. Эчмиадзина, желало выйти из сферы посягательств хана Гандзака. Гандзасарский католикос больше всех страдал от своеволия хана. Часть Восточной Армении, где находился Первопрестольный Св.Эчмиадзин, была включена в состав Ереванского ханства, которое в этот период возглавлял Хосров (1648—1654). В отличие от других ханов, известных своей жестокостью, Хосров был доброжелательным.
О его армянском происхождении свидетельствует тот факт, что в Ереванском ханстве он посещал армянские школы, ученики которых пели духовные песни — шараканы и таги. Вследствие злословия в адрес Хосрова со стороны иноземцев на его место был послан другой хан, который был его полной противоположностью. Тяжелые условия, в которых оказался Гандзасарский католикосат, вызвали недовольство некоторых священнослужителей Восточных краев Армении: считая причиной несчастий его наследственные факторы. Они потребовали отречения католикоса Григора IV. Этим движением руководил епископ Петрос из села Хандзк гавара Варанда. В 1651 г. персидский двор указом вновь утверждает патриаршество католикоса Григора.
С целью стабилизации Восточных краев Армении необходимо было сохранить наследственное право рода Хасан-Джалалянов на Гандзасарский католикосский престол путем усыновления епископа Петроса католикосом Григором, как следует из клятвенного обязательства Петроса, скрепленного подписями мелика Хачена Атабека Хасан-Джалаляна и трех епископов — сторонников католикоса Григора. Католикос Петрос Хандзкеци известен своей деятельностью в области церковного строительства.
Указом 1663 г. Аббас II признал его патриаршью власть над армянами Арцаха, Гандзака и Ширвана. В период патриаршества Петроса мусульманские правители продолжали религиозные преследования армян. Указ шаха Сулеймана гласил, что дискриминация на религиозной почве противоречит канонам шариата, тем самым необходимо было обуздать официальных мусульманских лиц. Согласно другому указу, Гандзасарский монастырь освобождался от налогов, и шах Сулейман приказывал мусульманским правителям не притеснять армян и относиться с уважением к духовенству Арцаха.
Первым был католикос Петрос Хандзкеци, который обратился к российскому двору с целью создания благоприятных условий для армянских компаний Нор Джуги. Письмом от 2 декабря 1672 г. он просил царя Алексея Михайловича покровительствовать как армянским купцам, занятым торговлей в России, так и армянскому народу в целом. После кончины католикоса Петроса Хандзкеци состояние Гандзасарского католикосата еще более
осложнилось вследствие того, что вопреки повелению Католикоса Всех Армян Акоба IV Джугаеци (1655—1680) на патриарший престол вступил Симон Хоторашенци (1675—1701). Кандидатом же Акоба Джугаеци был Еремия ХасанДжалалян, чему воспротивился Симон, что и стало причиной раздора между ними. Для умиротворения католикоса Еремии и противопрестольника Симона Акоб Джугаеци приложил определенные усилия, в частности, предал Симона анафеме.
Эдуард Л. Даниелян. Гандзасарский монастырь. Богословский центр “Гандзасар”. Ереван, 2009