В момент перенесения верховного патриаршего престола из Сиса в Эчмиадзин был учрежден отдельный престол в Константинополе. Магомет II после завоевания этого города прибегнул к радикальной мере, чтобы обеспечить себе покорность греков. Турецкое законодательство было всецело религиозное, и права личные и общественные черпали свои основы исключительно из учения ислама. Мусульманские державы, покоряя христианские страны, вынуждены были сделать одно из двух: или насильственно обратить в свою религию побежденное население, или даровать ему административную и специальную автономию. Ни то, ни другое не могло быть применено в Константинополе, только что объявленном столицей новой мусульманской империи. И вот завоеватель счел себя вынужденным наделить главу Греческой Церкви специальными и гражданскими полномочиями в том, что было строго связано с религией греков. Таким образом, все дела, касающиеся семейной жизни, как-то: брак, народное просвещение, благотворительность, церковное служение и священнослужители, церковный быт и управление и т. п., ‒ все это было предоставлено полномочному ведению вождей Церкви. Вот каким образом патриарх оказался облеченным чем-то вроде гражданской полномочной властью или императорским патрициатом (1453).
Установив таким образом личный статус греков, завоеватель задумал противопоставить им другой христианский элемент, который он считал более преданным его интересам. Турецкое правительство переселило в Константинополь многочисленную армянскую колонию, расселенную во внешних кварталах, внутри стены и вблизи от главных ворот города. В то же время, в виде особой предосторожности, греки были сосредоточены в центральных кварталах, удаленных от башен и стен. Начиная с Османа Гази, армяне пользовались доверием турок. Новая колония была равноправной с греческим элементом. Епископ Оваким, митрополит армянских колоний Малой Азии, вызванный из Бруссы в Константинополь, был наделен титулами, почестями и полномочиями, признанными за Греческим патриархом (1461).
И вот таким образом оба патриарха, Греческий и Армянский, были признаны вождями двух великих православных фракций христианского Востока. Это разделение было установлено на вероисповедной основе, независимо от каких-либо расовых или национальных соображений. Все православные диофизиты: греки, болгары, албанцы, валахи, молдаване, румыны, хорваты, караманы, сирийцы, мелхиты и арабы, – были вместе с их правителями подчинены власти Греческого патриарха, что же касается православных монофизитов, подразумевая армян, сирийцев, халдеев, коптов, грузин и абиссинцев, они вместе с их главами были подчинены Армянскому патриарху. Евреи не имели тогда узаконенного положения, а римские католики или левантинцы считались иностранцами. Вследствие этого те туземцы, которые принимали римско-католическое исповедание, не могли пользоваться своим обращением привилегиями с точки зрения известных религиозных актов, таких как крещение, венчание, погребение и т. д. Этот порядок оставался нетронутым в продолжение веков, и только в половине позапрошлого века наступил ему конец с учреждением католического патриаршества (1830); а за ним последовал ряд других таких же согласно обрядовым и вероисповедным различиям.
Армянские патриархи в Константинополе в течение того же периода задались целью централизовать, в пределах возможного, управление внутренними делами. Их прогрессивная деятельность постепенно распространилась на все провинции империи, в том числе на епархии, управляемые в области духовной патриархами Сиса, Ахтамара и Иерусалима. История этой отдаленной эпохи заносит на свои страницы исключительно лишь столкновения епископств и епархий попеременно с политическими беспорядками и непрерывными войнами. Но мы обойдем их молчанием, не желая отягощать этот исторический обзор рассказами, могущими нас отдалить от нашей цели.
Архиепископ Магакия Орманян. Армянская церковь: Ее история, учение, управление, внутренний строй, литургия, литература, ее настоящее. 1913 год.