Армянская Церковь страдала от величайших смут в первой половине XV века. Киликийское царство окончательно исчезло (1375). Сис был захвачен египтянами вместе со взятым в плен царем Левоном VI; лишь небольшая горсть армянских князьков еще оказывала сопротивление на Аманусе и в ущельях Тавра. Чтобы составить себе понятие о том, как много утратил патриарший престол могущества и блеска, достаточно будет отметить, что шесть последних патриархов (1377–1432) добились патриаршего сана лишь после того, как умертвили своих предшественников, и ценою подкупа. Чтобы вернуть себе затраченные суммы, они не отступали ни пред каким вымогательством. Чистота учения ни во что не ставилась, и патриархи готовы были на всевозможные сделки с совестью, лишь бы только они предоставляли выгоды. Пропаганда римского католичества велась с успехом в Киликии благодаря деятельности миссионеров ордена францисканцев.
В то же время орден доминиканцев усердно трудился над обращением Великой Армении, где он образовал особую латино-армянскую общину братьев «Унитор» под покровительством болонского епископа Варфоломея. Армянская колония, основанная в то время в Крыму под главенством генуэзцев, завязала при их посредничестве прямые сношения с Римом. Она даже послала на Флорентийский собор 1439 года делегацию, уполномоченную вести переговоры о соединении Церквей.
Патриаршество Ахтамар, отделенное в 1114 году, примирилось с метропольной Церковью в патриаршество Акопа III Ссеци (1409) при посредничестве великого ученого, Святого Григора Татеваци, который постарался мудро положить предел расколу. Патриархи Ахтамара, видя исчезновение престола в Сисе, заботясь о чистоте учения и неприкосновенности традиций, захотели реагировать. Следует добавить, что ими руководило также намерение повысить достоинство патриаршего престола. Богословская школа в Сюнике, испокон веков пользовавшаяся заслуженной славой, в последнее время возродилась к новой жизни под руководством Святых и ученых мужей Ованна Воротнеци (†1388), Магакии Кримеци (†1384) и Григора Татеваци (†1410). Значительное число их учеников, сокрушаясь о плачевном упадке их Церкви, вознамерились ее уврачевать. Таковы были противоречивые мотивы, побудившие армянский народ к радикальным мерам. Так как в конце концов заметили, что неосновательно и бесполезно сохранять резиденцию патриарха в отдалении от ее первоначального средоточия, то пришли к заключению об утверждении ее вновь в Эчмиадзине ввиду сравнительного спокойствия, которым пользовалась эта местность под владычеством персов.
Григор IX Мусабегиан, фактически занимавший патриарший престол, когда ему предложили совершить это перенесение, сначала отказался, потом согласился, и общее собрание из семисот членов в лице епископов, архимандритов, ученых, архипастырей, князей и именитых граждан, созванное в Эчмиадзин (май, 1441), узаконило это решение. Затем в предотвращение какого-либо возможного конфликта между различными кандидатами избрали Киракоса Вирапеци, прославленного своим благочестием и праведной жизнью и остававшегося чуждым всем предшествующим движениям в церковной жизни. Этим избранием устранялось соревнование между Закарией, патриархом Ахтамарским, Закарией Хавуцтарци, главой сюникской богословской школы, и Григором Джалалбегяном, архиепископом Артаза. Казалось, для Армянской Церкви началась эпоха обновления. Объединительные течения теперь утратили свой смысл, и было достигнуто окончательное присоединение Ахтамарского патриаршества. Сведущие люди находились во главе реставрации, сплоченные силы которой являлись хорошим предзнаменованием. К несчастью, успех начатого дела подорвали страсти – различные интересы восторжествовали над общим – Церковь не в силах была осуществить свой идеал мирного преуспеяния. Патриарх Киракос, не способный овладеть положением, по истечении двух лет отрекся (1443); его заместителем явился Григор X Джалалбегян.
Закария Ахтамарци, добившийся провозглашения его верховным патриархом, после ухода Киракоса ниспроверг нового патриарха и водворился в Эчмиадзине (1461), но он не удержался на своем посту даже до конца года. Вернулся к власти Григор Х, и те, кто помогли ему вновь водвориться на патриаршем престоле, были возведены в достоинство коадъюторов патриарха с наделением их полным титулом и неограниченными полномочиями. Так на этот пост были призваны Аристакес II Аторакал и Саркис II Ачатар. С этого момента и в продолжение двух веков в Эчмиадзине завоевала господство система назначения при патриархе двух помощников, на которых распространялось титулование патриаршего сана и присвоенные ему прерогативы власти; и это делалось с исключительной целью удовлетворить честолюбие некоторых епископов и расположить в свою пользу непокорных.
Если что и было хорошего в этом порядке вещей, то единственно лишь облегчение порядка наследования и немедленное возведение на патриарший престол старейшего коадъютора. Дело в том, что вследствие смут, волновавших тогда страну, и разбросанности армян, созыв избирательных собраний был сопряжен с величайшими трудностями. Начиная с первых веков христианства обладание реликвией Правой Руки (Ач) Святого Григора Лусаворича считалось неотъемлемым достоянием патриаршего сана; при участии Святого Ача неизменно происходили посвящения, даже соборования. Эта святыня сопровождала патриархов в их долгих скитаниях. Вот почему перенесение престола из Сиса в Эчмиадзин получило свое освящение и стало считаться действительным лишь благодаря присутствию в новом средоточии патриаршей власти этой реликвии Армянской Церкви. Чтобы узаконить свои притязания, Закария Ахтамарци завладел ею и, будучи изгнан из Эчмиадзина, увез ее с собою (1462). Святыня оставалась в Ахтамаре, откуда она вновь была похищена и увезена в Эчмиадзин епископом Вртанесом Оцопеци (1477), причем это похищение произошло при любопытных обстоятельствах. Беспорядки в Эчмиадзине и похищение Святого Ача побудили епископа Карапета Токатеци восстановить престол в Сисе, опираясь на мнимое обладание Святым Ачем. Вот когда было создано патриаршество Сиса, существующее и поныне, хотя уже примиренное с метропольной Церковью.
Эчмиадзинский престол раздирали внутренние и внешние распри, не прекращавшиеся до избрания Мовсеса III Татеваци (1629). Свыше тридцати духовных сановников наследовали друг другу: одни в качестве патриархов, другие – коадъюторов, и тем не менее, среди стольких личностей не нашлось ни одного с достаточно сильным характером, чтобы завладеть положением. Эчмиадзин в то время находился в персидских владениях, и Эриванские правители, или ханы, во всех этих армянских препирательствах видели только повод для денежных вымогательств. Они неизменно становились на сторону тех, кто давал больше, а когда армяне уклонялись от платежей, персидские власти подвергали патриархов телесным истязаниям, чтобы заставить их покориться. При этих условиях не могли иметь место никакие серьезные и правильные начинания, и вся эта эпоха охарактеризована состоянием полного упадка. Единственный патриарх, заслуживающий упоминания, Микаэл Себастаци (1542–1570), сумел обуздать честолюбие патриархов Ахтамара и Каспийской Албании. Ему обязаны учреждением армянской типографии.
Он послал в Италию (1562) Абгара Токатеци для изучения приемов книгопечатания; для облегчения его задачи патриарх снабдил его рекомендательными письмами к папе Пию IV. Первые издания на армянском языке появились в Венеции в 1565 году под руководством Абгара. Впрочем, существуют и более ранние издания, восходящие к 1512 году; они – плод усилий европейских издателей и армянских купцов. Инициатива патриарха Микаэла оказалась в высшей степени плодотворной; с этого момента армянские издания стали распространяться в Венеции, Риме, Константинополе, Эчмиадзине, Исфагани и Амстердаме. Наиболее важным и наилучше выполненным явилось иллюстрированное издание Библии, опубликованное в 1666 году в Амстердаме под руководством епископа Воскана.
Архиепископ Магакия Орманян. Армянская церковь: Ее история, учение, управление, внутренний строй, литургия, литература, ее настоящее. 1913 год.