Процесс изменения этнического состава территории коснулся Карабаха позже других армянских земель, поскольку карабахские мелики сохраняли свое полунезависимое положение в составе Персидского государства. Отношение Персии к армянам в корне отличалось от поведения османских властей в Западной Армении и пришлых тюрок в районах Южного Кавказа. Персидские шахи, как продолжатели традиций многовековых армяно-персидских отношений, не прибегали к изгнанию армянского населения из подвластных им территорий. Напротив, всеми средствами, в том числе даже и насилием, они стремились удерживать армян под своей властью или даже переселяли их в Персию из подвластных ей районов исторической Армении.
О насильственном переселении Персией армян из Нахичевана и Эриванской области свидетельствуют российские архивные документы. Так, командир Саратовского мушкетерского полка генерал Несветаев, докладывая генералу Глезенапу 31 июля 1806 г. о продвижении полка по направлению к Эривани, сообщает о страхе, охватившем жителей города и области. «Причиною сего страха, в коем они находятся, дабы семейства их и имущество не увлекли вовнутрь Персии, о каковом их намерении жители извещены… Жителей же деревень персияне могут свободно через Нахичевань увесть в Персию и опустошить все места».
Тот же генерал Несветаев докладывал генералу графу Гудовичу 10 сентября 1806 г., что «отряд войск до шестисот человек с четырьмя орудиями из Карабага может перейти наперед в Нахичевань, чтобы персияне не угнали жителей Эриванской области за Аракс…». А 11 декабря 1809 г. генерал граф Гудович в рапорте Александру I сообщал о возвращении в места своего проживания армян, угнанных ранее в Персию. Генерал докладывал, что отряд под начальством князя Орбелиани отправлен «к Араксу с тем, чтобы переправиться через Аракс для утеснения неприятеля и выезда сюда армянских здешних семейств, туда угнанных». Он писал, что в старую и новую Нахичеванскую крепости «жители почти уже все возвратились и начинают торговать…».
Персидские шахи пытались удержать у себя армян в целях развития ремесел, внешней торговли, укрепления обороноспособности страны. Они поддерживали армянских меликов Карабаха как опору против многовековой экспансии Османской империи в подвластные Персии территории исторической Армении. Ситуация коренным образом изменилась с началом территориальной экспансии России в район Каспия и Южного Кавказа, когда объектом этой политики стали территории, подвластные Персии. В результате, армянские мелики Карабаха оказались втянутыми в российско-персидское противоборство, противопоставив себя как турецким, так и персидским государственным интересам. Стремясь к присоединению Карабаха и других областей Южного Кавказа, Россия поддерживала освободительное движение армян региона, обещая восстановить армянскую государственность под верховной властью Российской империи. Армянские мелики и подвластное им население Карабаха, надеясь на эту помощь, вели самоотверженную борьбу за свою свободу.
Армянские деятели, заложившие основы российской ориентации меликов Карабаха, пренебрегали внешнеполитическими реалиями, не учитывали приоритеты внешней политики России. Карабахские мелики, оказавшись в ложном положении «сепаратистов», потеряли традиционную благосклонность иранских шахов. Именно для противодействия стремлению меликов к воссоединению с Россией шахи стали назначать в Карабах губернаторов из числа вождей тюркского кочевого племени — Панаха, а потом Ибрагима.
В сложившейся ситуации, хан Ибрагим, который традиционно придерживался турецкой ориентации, стал добиваться вытеснения армян из Карабаха. Документы этого раздела показывают, что он планомерно и целеустремленно создавал для армянского населения невыносимые условия жизни на своей родной земле. В последнее десятилетие XVIII в. беженство карабахских армян стало приобретать массовый характер. Так, например, только из владения мелика Абова «бежали пятьсот семейств» и переселились в Шамхор. Беженство армян, конечно, было вынужденным, но оно имело катастрофичные последствия для судеб армянского Карабаха. Армянские мелики, понимая опасность переселения, долгое время отклоняли предложения российских суверенов о переселении армян из Карабаха в новоприобретенные земли Прикаспия.
Однако со временем складывающаяся обстановка все же вынуждала меликов просить содействия к переселению. Варандинский мелик Джимшид и гюлистанский Фридон через канцлера А. Безбородко просили Павла I содействовать переселению в пределы России «на первый случай» до 11.000 армянских семейств, исходя из того, что «надежда на спасение исчезла». С такими просьбами они обращались также к Александру I.
Хотя определенную часть населения Карабаха мелики смогли увести с собой, все же основная масса карабахских армян отказалась покинуть свою родину. В этот критический период, когда подготовленный вековой борьбой армян Карабаха переход этого края под власть России перешел в практическую плоскость, когда соперничество между Россией, Персией и Османской империей приближалось к развязке, настойчивые попытки некоторых переселившихся в Грузию и Россию меликов вывести туда всех их бывших подданных объективно подрывали политические позиции армян в противоборстве с Ибрагим ханом, а потенциально и с тюркско-турецкой экспансией. Массовый исход армянского населения Карабаха, который возглавляли сами мелики, был глубоко ошибочным актом и имел весьма негативные последствия. В какой-то мере это было похоже на дезертирство. Столкнувшись с целеустремленной политикой выживания и выдавливания, мелики уступали поле боя своим противникам, а сами вместе со своим народом оказались в изгнании.
Очевидно и то, что армянская политическая элита и, в первую очередь, архиепископ Аргутинский и другие влиятельные российские армяне несут историческую ответственность за дезориентацию освободительного движения, за порождение нереалистичных надежд. Они всячески содействовали эмиграции из Карабаха армянских меликов с подвластным им населением в самый ответственный период борьбы, когда вопрос о присоединении этой армянской области к России переходил в практическую плоскость.
Разумеется, в вопросе переселения карабахских армян архиепископ Аргутинский руководствовался христианским человеколюбием и преданностью интересам Российской державы, не представляя себе политических последствий изменения этнического облика этих территорий в пользу пришлых тюркских племен. В тот период в кругах армянской политической элиты высказывались и другие мнения. Так, в записке Ованеса Лазарева генералу А. Суворову 10 января 1780 г. о необходимости помочь карабахским меликам сохранить и укрепить независимость Карабаха предлагалось сделать его ядром будущей армянской государственности: «Армения уже несколько веков, как лишилась государя своего и особенного правления, многими местами овладели турки и персияне: малая же часть, то есть карабахцы и поныне остаются в независимости, но в случае какого-нибудь начальника из своей нации, весьма легким способом Армения может паки возстановиться и в короткое время сделается стечение немалого народа…». Однако оказавшись в эмиграции и уступив политическое поле своему противнику — персидскому хану Ибрагиму, мелики Карабаха лишили себя реальной возможности участвовать в определении статуса Нагорного Карабаха, когда встал вопрос о его переходе в состав Российской империи.
«Нагорный Карабах в международном праве и мировой политике». Комментарии к документам. Том II / Д. ю. н., проф. Ю.Г. Барсегов, Москва, 2009