Патриоты-мелики, являясь свидетелями жестокостей Ибрагим хана, предприняли отважные шаги для оказания помощи епископу Саркису Хасан-Джалаляну и монашеской общине. Во время нападения Ибрагим-хана на Гандзасар армяне смогли спрятать лишь часть ценностей монастыря, потому что уход епископа Саркиса был поспешным, и у него не хватило времени взять с собой имущество монастыря. Братья епископа Саркиса Даниел-Бек и Джалал-Бек после ряда отважных действий тайно проникли в Гандзасарский монастырь, чтобы вынести оттуда спрятанное имущество и унести в Гандзак. Однако их предал антикатоликос Исраэл и их арестовали палачи Ибрагимхана, которые по его приказу жестоким образом убили их. Как пишет Раффи: “Отрубили голову Джалал-Бека, а Даниел-Бека жи вым отвели к хану… Спустя несколько дней, выведя его из тюрьмы, он приказал разрубить его на куски… Ибрагим хан изменнику католикосу (Исраэлу), за оказанные услуги… отдал монастырь Амарас и назначил пастырем Карабаха. В это время католикосом в монастыре Ериц Манканц (Трех отроков) был некто по имени Симон Малый. Итак, в Карабахе было два католикоса…”.
После ужасных злодеяний Ибрагим разграбил Гандзасар. В 1794 г. в Гандзаке, епископы Восточных краев Армении избрали епископа Саркиса Гандзасарским католикосом. Народ назвал его “Живым Мучеником” за страдания, причиненные ему Ибрагимханом. Народ любил и уважал Гандзасарского католикоса Саркиса. Персидские нашествия конца XVIII — начала XIX века принесли стране разруху, а народу — огромные страдания. О печальном факте некоторого оттока населения из Арцаха свидетельствуют документы Российской империи. В политической и церковной жизни страны сложилась нестабильная и опасная ситуация. Когда Гандзасарский католикос Саркис был настоятелем, Ахпата в “Алуанском” патриаршестве единолично “правил” антикатоликос Исраел.
В 1804 г. началась русско-персидская война, Военные действия развивались с преимуществом Российской империи. В 1806 г. часть армян вернулась в родной Арцах. Война завершилась заключенным в Гюлистане (в Арцахе) договором (12 октября 1813 г.), согласно которому Персия признала переход некоторых северо-восточных армянских территорий (Лори, Памбак, Зангезур, Арцах, Утик вместе с Гандзаком) и других областей к Российской империи. Вернувшийся в Гандзасар католикос Саркис и сын его брата Даниел-Бека вардапет Багдасар начали благоустраивать монастыри Арцаха учебными заведениями и обновлениями, а также пополняя ряды монашеской братии. Между тем, под тайную диктовку Мехди-гули хана в Арцахе продолжались убийства, разбои и грабежи. Однако имперские власти оставляли безнаказанными его преступные действия. Как отмечалось в решениях Гандзасарского тайного собрания (1814 г.), все это крайне резко отразилось на сферах жизнедеятельности Арцаха, что при внешнем вмешательстве подрывало основы Гандзасарского католикосата.
В результате переговоров между предводителем Тифлисской епархии Армянской Апостольской Церкви Нерсесом Аштаракеци [назначенным в 1814 г. Католикосом Всех Армян Епремом I Дзорагехци (1809—1831)] и официальными представителями Российской империи в 1815 г. Гандзасарский католикосат был упразднен, а Гандзасарский католикос Саркис был официально провозглашен архиепископом или митрополитом Гандзасара или Арцаха.
Саркис Хасан-Джалалян, с целью подготовки своего племянника Багдасара в качестве помощника и преемника, отправил его в Эчмиадзин, где Католикос Епрем рукоположил его во епископа. Епископ Багдасар подписал клятвенную грамоту о верном служении Армянской Апостольской Церкви и Первопрестольному Св. Эчмиадзину. Согласно русско-персидскому Туркменчайскому договору (10 февраля 1828 г.), граница Российской империи на юге была доведена до реки Аракс. Персия официально признала присоединение Ереванского и Нахиджеванского “ханств”, а также округа Ордубад (Вордуат) к Российской империи. В декабре 1828 г. скончался бывший Гандзасарский католикос, архиепископ Саркис Хасан-Джалалян.
Эдуард Л. Даниелян. Гандзасарский монастырь. Богословский центр “Гандзасар”. Ереван, 2009