Строительство храма Св. Иоанна Крестителя по преданию связано с мощами святых мучеников Церкви Христа, и, в частности, Св. Иоанна Крестителя и основано на известной евангельской истории, пересказанной с раннего средневековья до эпохи Армянского Киликийского царства.
Согласно традиции, после казни тело Св. Иоанна Крестителя было захоронено его учениками в знаменательном месте. Затем традиция принимает форму описания видений. В первом видении является Св. Иоанн Креститель и пальцем указывает отшельникам место своей головы, которую они находят, выкапывают и уносят. Во втором видении священная голова переходит в руки одного нищего, а согласно третьему видению, становится известной воля Иоанна Крестителя.
Когда отшельники, проснувшись начали искать священную голову, явился Иоанн Креститель и посоветовал им не унывать, поскольку таково было его желание. Повествуется также о чудотворствах священной головы. Нищий унес священную голову домой, куда приходили больные и утром, выпив воду из чаши, поставленной ночью, исцелялись от разных болезней. Затем голова Иоанна Крестителя попала в руки к одному гончару, который также совершал исцеления, а затем он положил ее в изготовленный своими руками кувшин. После смерти гончара священная голова перешла в руки брата владыки Арцаха Хасан-Джалала Долы. Владыка Арцаха взял священную голову у своего брата, принес и положил в фундамент церкви Св. Иоанна Крестителя, которую он построил в Гандзасаре. Затем упоминается о захоронении мощей других святых в основании церкви.
Эдуард Л. Даниелян. Гандзасарский монастырь. Богословский центр “Гандзасар”. Ереван, 2009